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珠宝红外光谱仪不同种属的宝石，在其内部分子结构及化学成分会有所差异，根据各类宝石特征的红外吸收光谱对其进行鉴定。采用红外反射法，配上漫反射支架，直接测试样品光滑表面，很快就可以得出该样品的特征红外吸收光谱。特别对于一些不透明或表面抛光较差的翡翠或者其他相似玉石，通过对谱图的分析极易将其区分开。
珠宝红外光谱仪与分子的结构密切相关，是研究表征分子结构的一种有效手段，与其它方法相比较，光谱由于对样品没有任何限制，它是*的一种重要分析工具。在分子构型和构象研究、化学化工、物理、能源、珠宝材料、鉴定和工业过程控制等多方面的分析测定中都有十分广泛的应用。
在珠宝玉石中，广泛用到环氧树脂胶做充填物，红外光谱仪可以非常准确、快捷、无损分析到环氧树脂的存在。
通过放大检测、常规仪器检测、珠宝红外光谱仪，相结合得出以下一些特征；放大观察，从显微镜下观察样品的表面，粗糙不平滑，还是可以看到酸蚀网纹，影响其光泽较差。在灯下透光观察，其结构松散，基底发白，绿色分布较浮，颜色分布无层次感，这是由于经过酸洗后对其结构、颜色的影响。在紫外荧光灯下观察，长波无荧光，短波有中等强度的黄绿色荧光，一般翡翠础货通常无荧光，如含蜡质物可见长波有蓝白色荧光。
